Клуб основан в 1904 году как спортивный проект химического гиганта Байер. До 1975 года леверкузенцы выступали во второй бундеслиге и особых звезд с неба не хватали, выступая на небольшой, но уютной БайАрене, вмещающей 22500 зрителей. В 1979 году леверкузенцы получили повышение в классе и сразу же заставили считаться с собой всю немецкую элиту. В 1988 году клуб выиграл Кубок УЕФА, а его ворота защищал Бернд Дреер. В 1993 году «Байер» выиграл свой первый большой «домашний» трофей — Кубок Германии. В финале была повержена берлинская «Герта». С 1996 года они четырежды финишировали на втором месте в национальном первенстве и еще по разу занимали третье и четвертое место. В сезоне 2000/2001 «Байер» упустил победу в первой бундеслиге в последнем туре. Это было огромным ударом для болельщиков, но еще большее разочарование ждало их через год. За 11 майских дней сезона 2001/2002 леверкузенцы потерпели беспрецедентную серию поражений. Для начала они вновь потеряли надежду на звание чемпиона Германии в последнем туре, затем проиграли «Шальке 04» в финале Кубка Германии и, в завершение своих злоключений, проиграли финал Лиги чемпионов мадридскому «Реалу».